Visi
Terpeliharanya Kerukunan Umat Beragama di Kota Batam

Misi
Untuk mencapai visinya tersebut, maka dilaksanakan misi sebagai berikut:

1. Membangun kehidupan umat beragama yang harmonis, saing pengertian, hormat-menghormati, saling percaya, dan mengedepankan kebersamaan dia atas prinsip-prinsip kesetaraan, keadilan, dan perdamaian.
2. Meningkatkan kualitas SDM pemuka agama melalui pendidikan dan latihan yang berbasis multikultural.
3. Mencegah setiap usaha atau tindakan yang dapat merugikan dan/atau mengganggu pemeliharaan kerukunan umat, ketentraman, dan ketertiban masyarakat serta kerukunan nasional.
4. Meningkatkan peranan dan fungsi FKUB sebagai wadah musyawarah dan konsultasi pemuka agama.
5. Mendorong peranan pemerintah dan swasta dalam upaya mewujudkan kerukunan umat beragama.